Picross 3D cuenta con la ventaja de tener menos reglas que Picross DS. El juego sólo requiere que el jugador utilice las leyes de la lógica. No hace falta que deduzca qué bloques podrían ser rellenados o no según las contradicciones que arroja la comparación de distintas filas.
Los fans de Picross estarán encantados de saber que, al igual que su predecesor en 2D, Picross 3D ofrece una función de edición de niveles para que los usuarios creen nuevos puzles que podrán compartir con su familia y amigos a través de una conexión inalámbrica local. Más aun, si queremos poner a prueba nuestra creación, puedemos darla a conocer en todo el mundo a través de la Conexión Wi-Fi de Nintendo. Utilizando esta conexión, podremos descargar contenido adicional, que incluye tanto nuevos puzles oficiales como las creaciones de otros jugadores.