La acción presente en Naruto Shippuden: Clash of Ninja Revolution 3 está repartida a lo largo de los cinco modos distintos, entre los que se incluye un modo Historia que permanece fiel al arco narrativo de "Rescue Gaara" de la franquicia anime de Naruto y que ocurre en tres capítulos, cada uno con distintas misiones por resolver. Los seguidores de la serie deberán estar alerta ya que aparecen algunos personajes nuevos para desbloquear, tales como Granny, Chiyo y Anbu Kakashi.
Podremos volver a jugar la historia en el modo Misión, completando toda una serie de misiones diferentes con distintos grados de dificultad. Cada personaje cuenta con diez misiones, y cada vez que consigue completar una, sube de nivel. Hay siete niveles diferentes, desde básico hasta máximo.
En el modo Versus, hasta cuatro jugadores pueden luchar juntos. Los personajes pueden utilizar ataques especiales llamados jutsu. Otra de las populares características de anteriores juegos que se pueden encontrar en esta nueva entrega es la posibilidad de desbloquear otros modos en la tienda del juego.
